Матрицы весов аминокислотных замен.

Множественное выравнивание блока из базы данных BLOCKS, отвечающего белку RUVA_ECOLI

Описание блока:

Идентификатор — Block IPB000085B;
Количество последовательностей — 152;
Ширина блока — 42;

Источник информации в базе данных BLOCKS.

Фрагмент множественного выравнивания блока создан с помощью программы GeneDoc. Цвета выбирались с учетом степени консервативности аминокислотного остатка:
Красный — более 80% идентичности;
Оранжевый — более 60% идентичности;
Желтый — более 40% идентичности;
Не выделены цветом аминокислотные остатки со степенью консервативности менее 40%.

Полная картина выравнивания

Веса аминокислотных замен.

Вычисление весов аминокислотных замен на основе множественного выравнивания блокa IPB000085B из базы данных BLOCKS

Пара аминокислот n_αβ p_αβ q_α q_β s_αβ
Tyr-Tyr 5841 0,01289 0,0338 0,0338 7

Tyr-Phe 6964 0,01537 0,0338 0,07274 3

Tyr-Thr 484 0,00107 0,0338 0,05507 -4

n_αβ — число совпадений данной пары аминокислот в выборке блоков белков,родственных RUVA_ECOLI.
P_αβ — отношение этого числа к общему количеству всевозможных пар аминокислот.
q_α и q_β — частоты встречаемости первой и второй аминокислотв парах соответственно.
В последнем столбе представленны веса данных аминокислотных замен.

Вычисление весов аминокислотных замен на основе множественных выравниваний 200 блоков из базы данных BLOCKS

Пара аминокислот n_αβ p_αβ q_α q_β s_αβ
Tyr-Tyr 3051510 0,01289 0,0437 0,0437 6

Tyr-Phe 3112453 0,01537 0,0437 0,05798 3

Tyr-Thr 822483 0,00107 0,0437 0,04946 -1

n_αβ — число совпадений данной пары аминокислот в выборке 200 блоков белков из базы данных BLOCKS.
P_αβ — отношение этого числа к общему количеству всевозможных пар аминокислот.
q_α и q_β — частоты встречаемости первой и второй аминокислотв парах соответственно.
В последнем столбе представленны веса данных аминокислотных замен.

Сравнение весов аминокислотных замен

Пара аминокислот Блок IPB000085B 200 блоков BLOSUM62
Tyr-Tyr 7 6 7

Tyr-Phe 3 3 3

Tyr-Thr -4 -1 -2

Незначительные расхождения весов аминокислотных замен можно обьяснить тем, что данные были получены в результате анализа блоков (второй столбец) неизвестной степени родства, а также замена Tyr-Thr более редка у белков моего блока, чем у белков со степенью родства BLOSUM62.
По данным матрицы BLOSUM62 можно сделать вывод, что более редкой является замена тирозина на треонин, чем тирозина на фенилаланин, так как последний имеет сходное строение и мутация Тyr-Phe более вероятна. Большой вес имеет, т.е. является довольно распространенной замена тирозина самого на себя (что не удивительно).

© Yuminova Alina aka Melli, 2005